為了執行經發會對大陸投資應採「積極開放，有效管理」的共識，尤其針對開放晶圓廠赴大陸投資相關配套措施，行政院國家科學委員會特草擬「科技保護法」以為法源依據，並列為立法院新會期的優先法案。然該草案一推出即飽受爭議，尤其在產業界更是引發軒然大波，質疑該草案根本就是科技戒嚴的惡法。

事實上，針對「科技保護法」的適法性，中研院院長李遠哲也曾公開表示反對的立場，認為該法如此大範圍的限制科技發展，係足以打擊科技業者的創新研發動機。再者，該法的內容仍存有相當多疑點有待釐清，比如說國家安全的概念、敏感科技的定義、主管機關的職掌、法律競合的關係等充斥著模稜兩可的界定，更遑論是主觀意識的認定。是故以下僅就該法部分爭議點提出若干質疑：

一、國家安全的核心概念模糊不清，未來恐將爭議不斷

「科技保護法」第一條開宗明義即表示該法的目的即在確保國家安全及公共利益，然而國家安全的範圍可能隨著時勢而變化，很難以一致性的標準認定，比方說戒嚴與解嚴可能在於主政者的一念之間，而今日與明日的國安標準可能亦是審議委員的主觀認定。因此，若將認定標準留予行政機關裁量，雖以「最小必要」為原則，然而對於業者其中的疑慮與爭議勢將難以明白解釋。

二、機關執掌關係界定不明，審議委員會的功能與現有機關重疊

根據「科技保護法」第四條所示，主管機關行政院國科會應設置科技保護審議委員會，審議敏感科學專門技術項目，然現行經濟部所屬常設性行政單位已有投資審議委員會、貿易調查委員會；任務性編組則有科技專案績效考評委員會、產業技術規劃審議委員會等專責單位，負責投資案的審議與赴大陸投資案的審查，且實務運作行之有年，無論人力、資源及經驗皆十足充分與周延。再者，行政院陸委會對於台灣地區人民、法人、團體或其他機構赴大陸地區從事投資、技術合作或商業行為者亦有相關審核機制。因此，現行機構未能收單一窗口之效，反而疊床架屋另起爐灶，實有資源錯置之虞。

三、審議委員會是否足夠客觀、專業決定敏感科學技術的項目

「科技保護法」明文指出科技保護審議委員會應審議敏感科學專門技術項目，其中涉及我國獨有之技術、關鍵性之創新技術或涉及國家安全者，並且建立科技安全通報系統。事實上，敏感科學技術的定義過於模糊且涵蓋面過於廣泛，難以表列方式一一羅列，若任憑少數審議委員關起門來密室協商，又缺少與業界溝通的管道，不免令人懷疑決策的周延性。再者，科技安全通報系統的建立，令人擔心是否會成為科技人的警備總部，成為新綠色恐怖，因而打擊科技人創新研發的動機，更甚者使國外資本、技術及人才不願進駐我國。

四、法律競合關係未予釐清，造成法案間界面及競合之適用引發質疑

就法理言，現行法令中關於科學技術涉及國家安全的部分已具完整配套措施，國內法部分舉凡「國家機密保護辦法」、「台灣地區與大陸地區人民關係條例」、「台灣地區人民進出大陸地區許可辦法」、「政務人員及從事涉及國家機密業務人員赴大陸地區須知」、「貿易法」、「貨品輸出管理辦法」、「戰略性高科技貨品輸出入管理辦法」、「軍事機關輸出入貨品管理辦法」、「在大陸地區從事投資或技術合作許可辦法」、「營業秘密法」、「電腦處理個人資料保護法」等；國際法部分則有「瓦聖那協定」，是故行政院提出的「科技保護法」實無立法之必要性，若行政院執意推出，甚者以特別法為名義，此舉恐將造成法律競合關係更趨複雜化。

五、國科會領航科技的角色定位被扭曲，反而成為台灣科技發展的絆腳石

根據行政院提出的「科技保護法」所示主管機關為國科會，在此不免為國科會的角色叫屈，更為行政院的做法感到遺憾。依據行政院國科會成立的宗旨，主要任務是推動全國整體科技發展，內容含括規劃與協調全國科技業務，訂定中、長程計畫，審議、管考與評估政府科技計畫，調查全國科技動態，推動國家型科技計畫等，成為台灣領導科技、提昇技術、培育人才的專責單位，然而民進黨政府卻將國家安全的大帽子扣在國科會的身上，成為管制科技的角色，著實令人感到不解與遺憾。

科技產業發展日新月異，競爭態勢瞬息萬變，國際經營環境已十分險峻，加以中國大陸的「磁吸效應」，當前台灣科技產業面臨空前的挑戰，如果政府方面對於科技產業競爭力的提昇不能有效予以支援，反而訂定「科技保護法」草案成為阻礙台灣科技發展路上的「大石頭」，試問在全球化與自由化的波瀾下，台灣的科技業者如何迅速精準的掌握商機，確保產業的競爭優勢？